Vandrammedirektivet og Habitatdirektivet har sat nye standarder i forhold til forvaltningen af vandressourcen. Indvindingsrelaterede påvirkninger skal derfor ikke længere alene vurderes i forhold til ændring i grundvandsstand eller vandføring, men fremover inddrage de indirekte konsekvenser på økologien i såvel vandløb som øvrige våde naturtyper.
Fornyelse af en række eksisterende vandindvindingstilladelser samt ansøgninger om indvindingstilladelse til nye kildepladser og boringer pålægger derfor de danske kommuner at koble viden fra mange forskellige fagområder.
Derudover skal kommunerne som en del af vand- og naturplanerne iværksætte handleplaner til opfyldelse af de i Vandramme- og Habitatdirektivets fastsatte krav. Disse handleplaner kan berøre indvindingen af grundvand, idet en overudnyttelse grundvandsressourcen i visse områder kan være en medvirkende årsag til økologisk forringelse og dermed manglende målopfyldelse.
Det er således nødvendigt at opbygge et tæt samarbejde mellem forvaltere af grundvandsressourcen og forvaltere af naturen. Dette er en stor administrativ opgave, som kræver velovervejede arbejdsrutiner og dialog på tværs af fagområder.